San José Costa Rica fővárosa és egyben leghatalmasabb települése. Itt fedezhető fel az állam közigazgatási, politikai és gazdasági centruma.
San José az állam földrajzi középpontjában, magas hegyektől övezett medencében, a Torres és Maria Aguilar folyó mentén fekszik.
Az 1000-1200 méter tengerszinttől számított magasságban fekvő központi medencét a Meseta Central-t (Valle Central) délről erősen lepusztult erdő borította, idősebb vulkanikus hegyek, az Escazú, Candelaria, Tablazo határolják. Ezek viszont nem veszélyeztetik San Josét. A településtől északi irányba ellenben a Középső-Kordillera vulkánjai, a 2704 méter magasságú Poás, a 2906 m magas Barba és a 3432 méter magasságú Irazú ma is aktívak. 1963-ban példaként az Irazú szórta dugig vulkáni porral a fővárost. A föld kérgében itt törésvonalak húzódnak.
San José trópusi övezetben fekszik, éghajlata viszont konkrétan kellemes, tavaszias, melyet 1170 méteres tengerszint feletti magasságának köszönhet.
Az évszakokat leginkább a csapadék eltérő volumene különbözteti meg egymástól. Az évi középhőmérséklet 20,4 Celsius-fok. Az év legmelegebb hónapja a május, 21,4 Celsius-fok átlaghőmérsékletével. Leghűvösebb hónap mindazonáltal a január 19 Celsius-fok átlaghőmérsékletével. Az 1944 mm tekintélyes csapadékmennyiség 95%-a a májustól novemberig tartó esős évszakban hull le.
Kolumbusz 1502-ben, az utolsó útja alatt jutott el Costa Rica partjához. A spanyolok 1519 és 1540 közti korban első alkalommal a partvidéket foglalták el, a belső területek meghódítására csak a XVI. század közepe után indultak expedíciók Juan de Cavallón, továbbá Juan Vásquez de Coronado vezetésével.
1563-ban Juian Vásquez de Coronado alapította Cartagót, amely 1823-ig a guatemalai főkapitányság (audencia) Costa Rica tartományának székhelye volt.
A mai főváros egy kis templomnak köszönheti nevét, kiindulási fejlődését ugyanakkor Cartago polgármesterének köszönheti: 1737-ben a fővárostól északnyugati irányba spanyol telepesek Szent József tiszteletére templomot emeltek. 1755-re a templom körül kialakult helység már többszörösére bővült, mivel a cartagói polgármester ösztönözte a környező völgyek lakóit a San Joséba való áttelepedésre. A település kedvező földrajzi helyzete következtében rövid időn belül túlszárnyalta a régebbi alapítású Cartagót.
A pánamerikai autóút mellett fekvő települést vasútvonal köti össze az állam legnagyobb kikötőjével, az atlanti parton fekvő Puerto Limónnal és a csendes óceáni Puntarenas-szal.
A Juan Santamaría internacionális repülőtér a településtől 16 km-re északnyugati irányba fekvő El Cocóban épült. A központtól mindössze 5 km-re északnyugati irányba található Tobías Bolaños internacionális repülőtér legfőképp a belföldi járatokat, és a panamai viszonylatot szolgálja ki.
